Если doctrine:generate:entities дублирует поля, гетеры и сеттеры базового класса в потомках

Если Вы столкнулись с такой ситуацией - то, возможно, Вы определили поля базовой таблицы как protected, а не как privat, что и вызвало проблему

Похоже пока не решен этот bug  - придется стать поклонником privat полей :)